近日，圣维尔医学部联合张家界市人民医院，对Omicron BA.5.2变异株的临床和免疫学特征进行了深入研究。此次研究分析了多种奥密克戎变异株亚型的突变位点与临床症状及免疫因子的关联关系，强调了国产高通量测序在传染病综合评估中的效用，有效辅助临床决策，进一步帮助临床提高诊疗效率。

期刊：Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

影响因子：5.7

发表日期：2023年10月30日

DOI 10.3389/fcimb.2023.1288914

/ 文章导读 /

SARS-CoV-2 的 Omicron BA.5.2 变异株经历了多次进化适应，形成了多个变异株亚型。快速准确地识别变异株亚型的特征对于治疗至关重要，尤其是在危重患者中。本研究使用圣湘生物的国产高通量测序 （NGS） 比较分析了不同的Omicron BA.5.2 变异株亚型的临床和免疫学特征。

/ 主要结论 /

本项研究表明，危重患者的淋巴细胞计数、T细胞、CD4、CD8、B细胞和NK细胞对比轻症明显下降（P<0.05）。感染不同奥密克戎BA.5.2变异株亚型的患者经历相似水平的细胞免疫功能障碍和炎症反应。四个突变 - ORF1a：K3353R、ORF1a：L3667F、ORF1b：S997P、S：T883I 与免疫反应呈现了相关性。

/ 研究方法 /

本次研究入组了 2023 年 1 月 20 日至 2023 年 3 月 31 日期间在中国湖南张家界市人民医院住院的 28 名感染奥密克戎变异株的患者。入院时采集咽拭子，基于 NGS 进行新冠全基因组及奥密克戎变异株亚型鉴定。整理临床数据，包括qSOFA评分和关键实验室检查。同时对淋巴细胞亚群进行了详细分析，以确定免疫细胞损伤的程度和疾病的严重程度。

/ 研究结果 /

患者的临床特征

这项研究共纳入了 28 名奥密克戎感染患者，男性17例（60.7%）、女性11例（39.3%）。10例患者（35.7%）被归类为重症，中位qSOFA评分为1.0；中位年龄为59.0，50%的患者年龄在60岁以上。

实验室检查结果和淋巴细胞亚群检测

淋巴细胞亚群用于评估患者的免疫系统，在入组的奥密克戎感染患者中，患者淋巴细胞计数下降，C反应蛋白、白细胞介素-6、降钙素原、D-二聚体、肌钙蛋白水平均显著高于正常范围。同时，T淋巴细胞总数、CD4淋巴细胞计数、CD8淋巴细胞计数、B淋巴细胞计数和NK细胞计数均低于正常值，只有相应的百分比和CD4/CD8比值基本在正常范围内。

疾病严重程度与淋巴细胞亚群的关系

本次研究将所有患者分为重症或非重症奥密克戎感染。其中共有18人患有非严重疾病，10人患有严重疾病。重症患者总淋巴细胞计数389.00μ/l，总T淋巴细胞计数165.00μ/l，CD4淋巴细胞计数85.00μ/l，CD8淋巴细胞计数82.00μ/l，NK细胞计数52.00μ/l。两组间水平差异有统计学意义（P<0.05）。重症患者IL-6水平和qSOFA评分高于非重症奥密克戎感染患者。

奥密克戎变异株亚型的突变位点

通过与Wuhan-Hu-1参考基因组（NC_045512.2）进行比较，在28个SARS-CoV-2一致性序列中，有72-90个氨基酸突变。分布在8个区域的所有样本共有43个相同的氨基酸突变位点：S区（Y505H、V213G、T478K、S477N、T19I、Q954H、Q498R、P681H、N969K、N764K、N679K、N501Y、N440K、L452R、K417N、H655Y、G142D、F486V、E484A、D796Y、D614G、D405N、A27S）、ORF9b区（P10S、D16G）2个、ORF3a区（T223I）1个、ORF1b区3个（R1315C、 P314L、I1566V）、ORF1a区（T842I、T3255I、T3090I、S135R、P3395H、L3027F、G1307S）7个，N区3个（S413R、R203K、G204R），M区（Q19E、D3N、A63T）3个，E区（T91I）1个。

▲SARS-CoV-2 基因组的系统发育树，代表患者的菌株和变异株亚型（红色）

变异株亚型的临床严重程度和淋巴细胞亚群比较

分析不同奥密克戎变异株亚型患者的临床特征和实验室检测结果，包括BA.5.2.48 + BA.5.2.49 + BA.5.2.6（n=5）、BF.7.14（n=8）和DY亚变异株（n=15）。结果显示，3组患者均有相似的临床表现，包括发热、咳嗽、咳痰、呼吸急促、头痛和乏力，两者之间无统计学意义。

奥密克戎变异株（BA.5.2.48 + BA.5.2.49 + BA.5.2.6）、BF.7.14和DY变异株亚型患者的淋巴细胞计数均降低，CRP、IL-6、PCT、DDT和肌钙蛋白水平均高于正常水平。总淋巴细胞计数、总T淋巴细胞计数、NK细胞计数均低于正常值。除白细胞和中性粒细胞外，其他参数（P>0.05）无统计学意义。

突变位点与免疫学参数的相关性

选取20对突变和检测参数，Spearman相关系数大于0.5，包括了 8个特异性突变。其中4个突变（ORF1a：K3353R、ORF1a：L3667F、ORF1b：S997P、S：T883I）与CRP、白细胞、中性粒细胞、总T细胞计数4个参数一致相关。其他4个突变（ORF1a：S3949N、ORF1a：T1840I、ORF1a：T4175I、ORF1a：T1788M）仅与血红蛋白或ALT相关，并且仅存在于DY.4样本中。

参考文献：

Jianliang Huang, Mingkai Xia, Rangjiao Liu, et al. Comparative analysis of clinical and immunological profiles across Omicron BA.5.2 subvariants using nextgeneration sequencing in a Chinese cohort . 2023